Stichting Food Compass zet zich in om door middel van monitoring en data-analyse, inzicht te krijgen in de voedselveiligheid van verse onbewerkte groenten, fruit en paddenstoelen. De daarmee verkregen kennis wordt gebruikt om deelnemers te informeren zodat zij daarmee hun bedrijfseigen voedselveiligheidssysteem kunnen verbeteren.
Food Compass verzorgt een residu monitoringsprogramma, een microbiologisch onderzoeksprogramma, een contaminanten onderzoeksprogramma en een watermonitoringsprogramma.