Food Compass heeft momenteel drie programma's waar aan gewerkt wordt.
Microbiologisch onderzoeksprogramma
Contaminanten onderzoeksprogramma
Daarnaast heeft Food Compass ook een databank waarin (anoniem) residu analyse resultaten worden opgeslagen van enig Food Compass monster en van bedrijven die ook hun bedrijfseigen analyse resultaten hebben gedeeld met de databank van Food Compass.